Ki-54aPhiên bản huấn luyện phi công không vũ trang.Ki-54bPhiên bản huấn luyện đội bay có vũ trang.Ki-54cPhiên bản vận tải tám hành khách hạng nhẹ & máy bay liên lạc hạng nhẹ. Tên gọi dân sự của kiểu này là Y-59.Ki-54dPhiên bản trinh sát duyên hải/Chiến tranh chống tàu ngầm (ASW: Anti Submarine Warfare), mang 8 x mìn sâu 60 kg (132 lb)Ki-110Một chiếc nguyên mẫu Ki-54 cấu tạo toàn bằng gỗ.Ki-111Dự án máy bay tiếp nhiên liệu. Không được chế tạo.Ki-114Dự án máy bay tiếp nhiên liệu cấu tạo toàn bằng gỗ. Không được chế tạo.